A medicina e a farmácia em Portugal no século XVII eram ainda muito influenciadas pelas doutrinas clássicas. A terapêutica era uma mescla de métodos tradicionais como purgas, sangrias e clisteres. 

Os medicamentos eram essencialmente de origem vegetal e a técnica operatória galénica. A farmácia química começou a ser divulgada entre nós a partir do início do século XVII, depois da vinda para o nosso país, de químicos e destiladores do estrangeiro que se estabeleceram entre nós, produzindo medicamentos químicos.

Os medicamentos químicos foram popularizados na forma de remédios secretos. Os segredistas eram principalmente químicos, médicos e cirurgiões que utilizavam o segredo contra o Galenismo, ainda dominante.

Com o Iluminismo pombalino, assiste-se finalmente às reformas, ao repúdio do galenismo da medicina Barroca e à condenação oficial dos remédios secretos. Em 1772, através da reforma pombalina dos estudos universitários, foi instituído na Universidade de Coimbra o Dispensatório Farmacêutico do novo Hospital Escolar, que se destinava ao ensino farmacêutico para a formação de boticários e dos estudantes de medicina, para além da produção de medicamentos.

No entanto, o acesso à profissão farmacêutica, realizava-se na sua maioria, mediante aprovação num exame tutelado pelo físico-mor. Este regime de estudos manteve-se até 1836.

Durante o século XVIII, publicaram-se diversas farmacopeias, mas só em 1794, Portugal teve a sua primeira farmacopeia oficial, a Pharmacopeia Geral, durante o reinado de D. Maria I. Esta obra pretendia regulamentar a produção de medicamentos e o exercício da prática farmacêutica nas boticas portuguesas. No entanto, esta farmacopeia não acompanha o progresso científico da época, não adotando a nova nomenclatura química preconizada por Lavoisier.