Após o progresso científico verificado no séc. XIX, os medicamentos começaram a ser preparados nas fábricas, que surgiram do prolongamento dos laboratórios das pequenas farmácias de oficina. A indústria farmacêutica em Portugal, começou a desenvolver-se a partir de 1890.

Alguns farmacêuticos, já tinham iniciado o fabrico em série de medicamentos a uma escala muito limitada. Entre 1851 e 1865 vários farmacêuticos portugueses foram premiados em exposições internacionais. Manuel Vicente de Jesus (1825-1889) foi o pioneiro da indústria farmacêutica com as pílulas de proto iodeto de ferro, preparadas na sua farmácia segundo o processo de Blancard.

Uma das primeiras áreas industriais a desenvolver-se no campo da farmácia, foi a produção de vinhos medicinais. O mais famoso foi o Vinho Nutritivo de Carne (1880), da farmácia Franco de Belém, propriedade de Pedro Augusto Franco.

O primeiro investimento de realce na indústria farmacêutica foi a Companhia Portuguesa de Higiene (1891) fundada por Emílio Faria Estácio e que detinha, além da Farmácia Estácio no Rossio, uma fábrica a vapor de produtos químicos e farmacêuticos. Foi Emílio Estácio o introdutor em Portugal dos grânulos dosimétricos (1893), tendo iniciado também o fabrico de comprimidos (1893-1894).

Iniciara-se em Portugal, a evolução da produção em pequena escala nos laboratórios das farmácias, para uma produção em larga escala, nos laboratórios industriais, verificando-se um desenvolvimento muito significativo na primeira metade do século XX.

Ao longo do século XIX e início do século XX em Portugal, o boticário deu lugar ao pharmaceutico, sendo o conhecimento da manipulação dos medicamentos, considerado uma ciência. Assistiu-se à emancipação dos estudos farmacêuticos em relação à medicina e ao surgimento das primeiras obras científicas da autoria de farmacêuticos. As conquistas socioeconómicas do farmacêutico português aliaram-se à integração do farmacêutico como agente de saúde pública e especialista do medicamento.