L'existence d'un Musée de la Pharmacie au Portugal, comme dans d'autres pays, a été la mise en oeuvre d'une ambition de tous les pharmaciens portugais.
Néanmoins, cette initiative a constamment été reportée pour diverses raisons, jusqu'à ce que toutes les pharmacies portugaises aient reçu un appel en 1981 de la part de la Direction de l'Association Nationale des Pharmacies, en vue de donner des pièces pour constituer une collection pour le futur Musée de la Pharmacie.
L'enthousiasme, exprimé par les associés de l'Association Nationale des Pharmacies face à cette initiative, a dépassé toutes les attentes, puisqu'il a permis de regrouper une collection représentative de l'histoire de la pharmacie portugaise, réussissant ainsi à sauvegarder un patrimoine qui semblait être menacé.
Inauguré en juin 1996 à Lisbonne, le Musée de la Pharmacie est le résultat d'une volonté claire des Pharmacies Portugaises de vouloir préserver l'histoire de leur profession. Un objectif national a ainsi été atteint, qui est aujourd'hui un motif de fierté incontestable pour la profession pharmaceutique.
Le Musée a réussi à appliquer une stratégie entre 1997 et 2010, visant à constituer une collection représentative de l'histoire de la pharmacie mondiale, en regroupant une collection exceptionnelle, qui aujourd'hui est une référence au niveau international, lors de ventes aux enchères nationales et internationales et auprès de collectionneurs privés.
En 2010, c'est au tour de la ville de Porto de recevoir le Musée de la Pharmacie à travers l'inauguration d'un nouvel espace.
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