A Idade Moderna inicia-se com a revolução intelectual do século XVII, desencadeada pela contribuição monumental de homens como René Descartes (1596-1650), Issac Newton (1642-1727), e John Locke (1632-1704). As suas pesquisas e investigação científica, permitiram o avanço e o progresso que culminou no Iluminismo do século XVIII. Esta corrente científica, teve grandes desenvolvimentos em França, com sábios como Voltaire (1694-1778) e Rousseau (1712-1778). Cientistas como Isaac Newton, Robert Boyle (1627-1691), Antoine Lavoisier (1743-1794) e Carl von Linné (1707-1778), conhecido como Lineu, permitiram a abertura de novas áreas do conhecimento.
 

No final da renascença, surgiu um novo sistema médico que mudou o conceito de iatroquímica. Neste novo sistema, descoberto pelo médico italiano Santorio (1561-1636) e apelidado de “iatrofísica”, ou iatromecânica, o corpo humano era concebido como uma máquina, estando as noções de saúde e de doença dependentes de interpretações das leis da física. Para a teoria iatromecânica, os conceitos de humor Galenista, foram substituídos pelo conceito de fibra que foi tida como o elemento fundamental do organismo.
 

A farmácia do barroco resulta então do cruzamento das diversas teorias médicas, para além das doutrinas clássicas. Sendo assim, a medicação era uma mescla de métodos tradicionais como purgas, sangrias, clisteres (dotados de propriedades purgantes, adstringentes, carminativas, etc.) e drogas vegetais; medicamentos químicos, vindos da iatroquímica; águas mineromedicinais; drogas americanas como a quina, e a ipecacuanha; injeções endovenosas e transfusões sanguíneas, embora com resultados pouco animadores.
 

Os fundamentos da química moderna foram lançados por Lavoisier e o misticismo, o ocultismo e o saber da velha alquimia, são definitivamente afastados. Perante este dinamismo científico, novos instrumentos foram inventados e tornaram-se pouco a pouco, ferramentas imprescindíveis no trabalho de investigação: o telescópio, o barómetro, o microscópio, o termómetro, etc.