O colapso do Império Romano do Ocidente em 476 A.D. conduziu a uma desintegração da autoridade política e a um brutal declínio cultural. As tribos germânicas que dominaram a Europa Ocidental, após o colapso do Império Romano do Ocidente, contribuíram muito pouco para a evolução da farmácia e da medicina.
 

A Europa cristianizada regrediu na arte de curar, regressando às crenças religiosas e à medicina popular.
 

No entanto, a herança de Roma e Bizâncio, não foi totalmente perdida na era das trevas; nos mosteiros, monges ocupavam-se a copiar os manuscritos antigos e a preservá-los. Conheciam os herbários dos autores clássicos, como Galeno e Dioscórides e aplicavam os seus conhecimentos no cultivo de jardins de plantas medicinais, como salva, alfazema, tomilho, alecrim e valeriana. Para além disso, muitos mosteiros dispunham de farmácias e hospitais, onde se desenvolveu a prática de curar. A partir do século XII são fundadas por toda a Europa diversas universidades sob o domínio da igreja católica, o que reforçou o ensino da medicina hipocrática e galénica.
 

É difícil determinar o exato momento em que o boticário surge na Europa Ocidental. Existiam especieiros, que vendiam mezinhas, drogas medicinais exóticas e especiarias, nas feiras e mercados. Os médicos medievais receitavam cerca de mil substâncias naturais, a maioria de origem vegetal. Existiam mesmas certas substâncias exóticas, às quais se atribuíam propriedades estranhas e especiais, como o corno de unicórnio, a raiz de mandrágora e as pedras preciosas. As especiarias do oriente, tais como o cravo-da-índia, a canela, ou o cardamomo enriqueciam as misturas de essências compostas por ervas e flores aromáticas europeias, como alfazema, estragão, manjerona, orégão, tomilho, manjericão e hortelã.
 

Um facto importante para a história da farmácia na Idade Média é a promulgação em 1240, por Frederico II, Rei da Sicília e imperador germânico, da famosa Magna Carta da Farmácia, que separa a farmácia da medicina e legalmente reconhece a profissão farmacêutica.
 

Ao longo de toda a Idade Média na Europa Ocidental, assistiu-se a um perpetuar da matéria médica clássica, aumentada pelos Árabes. O mito, a magia e a crença tiveram também um papel de relevo na medicina e farmácia medievais. No entanto, apesar de todo este envolvimento com o oculto, a farmácia na Idade Média alcançou importantes conquistas. A separação da profissão médica; o reconhecimento da profissão farmacêutica; o estabelecimento físico da farmácia; o aparecimento de organizações profissionais farmacêuticas; a introdução das farmacopeias no exercício profissional e o reforçar do papel do farmacêutico enquanto agente de saúde pública.
 

No final da Idade Média, assiste-se ainda na Europa, à proliferação de doenças de rápida propagação, como a peste, a lepra, o escorbuto, sarna, antraz, surtos de piolhos, doenças oftálmicas diversas, que dizimaram a população.