A medicina japonesa era dominada pela religião e superstição, baseando-se em três elementos fundamentais - o exorcismo, a purificação (banhos e higiene pessoal) e tratamentos com ervas medicinais.

A partir do século V, a medicina tradicional chinesa começa a impor-se definitivamente no Japão através de contactos diplomáticos que funcionaram como canais de difusão da religião e ciência chinesa. Em 723, uma farmácia e um asilo foram instalados num templo pertencente à família aristocrata Fujiwara.

Em 1549, o Japão entra pela primeira vez em contacto com a ciência e a cultura ocidental, através das relações estabelecidas com os comerciantes e missionários portugueses.

Em 1556, Luís de Almeida (1525-1583) um padre jesuíta português, sob o patrocínio de Otomo Yoshishige senhor de Bungo, fundou um hospital para leprosos e sifilíticos. Anexo à enfermaria existia uma farmácia abastecida de plantas medicinais vindas de Macau.

Em 1639, foram proibidos no Japão todos os contactos com os estrangeiros, tendo sido expulsos todos os ocidentais. Apenas os holandeses e os chineses puderam continuar a manter as relações comerciais sob estritas condições, tendo ambas as culturas influenciado decisivamente a medicina japonesa.